Saat ini tercatat jumlah pemegang Kartu Jaminan Kesehatan Daerah (Jamkesda) Kota Kupang sebanyak 157.800 jiwa yang tersebar pada 51 Kelurahan, jumlah peserta ini diprediksi akan kembali meningkat pada Tahun 2013, dikarenakan adanya penurunan jumlah kuota peserta Jaminan Kesehatan Masyarakat (Jamkesmas) Nasional pada tahun 2013 dari 107.869 jiwa menjadi 87.449 jiwa, dengan adanya pengurangan jumlah kuota peserta tersebut maka kemudian selisih kepesertaan yang tidak terakomodir kemudian akan diverifikasi kelayakannya untuk menjadi Peserta kartu Jaminan Kesehatan Daerah (Jamkesda) Kota Kupang.

Maka untuk meningkatkan database kepesertaan Jamkesda Kota Kupang serta mengakomodir kebutuhan masyarakat akan pelayanan kesehatan dari Jaminan kesehatan ini maka pada tahun ini Dinas Kesehatan Kota Kupang selaku leading sector program Jamkesda kemudian akan melakukan verifikasi data kepesertaan yang diyakini telah banyak berubah. Hal ini dikarenakan banyak peserta yang sudah meninggal, pindah keluar dari wilayah Kota Kupang, memiliki jaminan kesehatan lain selain jamkesda seperti Jamkesmas dan askes, serta berbagai alasan teknis lainnya, Sehingga verifikasi data kemudian diharapkan mampu menyediakan database kepesertaan Jamkesda yang lebih baik, yang mampu meningkatkan kuota kepesertaan bagi masyarakat Kota Kupang yang lebih membutuhkan sehingga pada akhirnya meningkatkan akses layanan kesehatan yang memadai bagi masyarakat. 

Sebagai informasi Kartu Jamkesda Kota Kupang dapat digunakan untuk mengakses layanan kesehatan yang memadai pada sarana kesehatan milik pemerintah Kota Kupang yakni 4 Puskesmas Rawat Inap, 6 Puskesmas Rawat Jalan, 35 Puskesmas Pembantu, dan 5 Pos Kesehatan Kelurahan serta 2 RS di wilayah Kota Kupang yakni RSU Kota Kupang dan RSUD W.Z. Yohanes sebagai tempat rujukan akhir. Kehadiran Kartu Jaminan ini diharapkan dapat membantu masyarakat Kota Kupang yang membutuhkan layanan kesehatan yang memadai. 

Selain dua Kartu Jaminan  Kesehatan diatas, terdapat satu lagi jaminan pelayanan kesehatan khusus bagi Ibu Hamil yakni Jampersal (Jaminan persalinan) yakni program pelayanan kesehatan khusus bagi ibu hamil untuk meningkatkan akses ibu hamil dalam rangka mendapatkan pelayanan kesehatan yang memadai sejak hamil, bersalin, dan pelayanan pasca persalinan. Semuanya itu bisa didapatkan gratis bagi ibu hamil dengan mengunjungi Pusat Kesehatan Masyarakat (Puskesmas) terdekat, dan melengkapi persyaratan administrasi yang dibutuhkan.